ＢＲＣＡ 数据解读中国专家共识

乳腺癌易感基因 （ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ ｇｅｎｅ， ＢＲＣＡ）是重要的抑癌基因与肿瘤易感基因，包括 ＢＲＣＡ１ 及 ＢＲＣＡ２。 ＢＲＣＡ 在 ＤＮＡ 修复的同 源性重组（ ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）机制中扮演重 要角色，ＢＲＣＡ基因突变会导致基因组不稳定性显 著增加。 胚系 ＢＲＣＡ１ ／ ２ 突变（ ｇＢＲＣＡｍ） 将显著提 高女性乳腺癌、卵巢癌以及其他癌症的发病风险。 近年来的研究发现，在一小部分无胚系ＢＲＣＡ 基因 突变患者的乳腺癌或卵巢癌肿瘤组织中也可以检测 到 ＢＲＣＡ 基因体细胞突变 （ｓＢＲＣＡｍ）。 ＢＲＣＡ 基因 也是与精准治疗密切相关的生物标志物，具有 ＢＲＣＡ１ ／ ２ 突变的卵巢癌患者对铂类化疗非常敏感， 预后良好，并可获益于聚二磷酸腺苷核糖聚合酶 （ｐｏｌｙ ＡＤＰ⁃ｒｉｂｏｓｅｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ， ＰＡＲＰ ） 抑 制 剂 的 治 疗［１］ 。 随着精准医学和靶向治疗的进展，对相关肿 瘤患者血液和／ 或肿瘤组织进行 ＢＲＣＡ 突变检测将有助于更好地判断预后、选择靶向药物、选择化疗方 案、在适当的条件下对家族遗传史患者亲属的患病 风险进行评估，帮助医师根据患者的基因状态来选 取更精准的治疗方案。

ＢＲＣＡ１ ／ ２ 基因序列较长，变异形式多样，变异 位点分散遍布于 ２ 个基因的全长［２］ ，并且不是所有 的 ＢＲＣＡ变异都会损伤蛋白质功能，因而，变异的解 读是 ＢＲＣＡ 检测中一个关键的环节。 ＢＲＣＡ 基因变 异解读需要依据各类信息（包括来自群体数据库、 疾病数据库、文献和患者病史的信息）进行综合评 判。 近年来国外多个权威机构先后发布了 ＢＲＣＡ 基 因变 异 数 据 解 读 的 标 准 或 指 南。 目 前， 我 国 在 ＢＲＣＡ 基因变异数据解读领域尚缺乏规范性指导。因此，中华医学会病理学分会特组织分子病理学领 域的相关专家进行了充分讨论，并形成共识发布，以 指导与规范我国 ＢＲＣＡ 基因检测数据的解读，推动 ＢＲＣＡ 检测在我国的临床应用。

一、 ＢＲＣＡ变异类型、检测区域及检测方法

ＢＲＣＡ 变异类型主要包括点突变、小片段插入／ 缺失 和 大 片 段 重 排 （ ｌａｒｇｅ ｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔ ） 等。 除 ＢＲＣＡ 基因编码区的变异外，内含子发生的一些变异亦可能会通过干扰 ＲＮＡ 剪切等方式影响蛋白质 功能，因此 ＢＲＣＡ 检测必须同时覆盖编码区和相邻 边界区（以±２０ｂｐ 为佳）。

Ｓａｎｇｅｒ 测序是检测 ＢＲＣＡ基因点突变和小片段 插入缺失的传统技术，也可以作为其他检测方法的 补充或结果验证手段。 多重连接依赖性探针扩增 （ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ ｌｉｇａｔｉｏｎ⁃ｄｅｐｅｎｄｅｎｔｐｒｏｂｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｓｓａｙ， ＭＬＰＡ）、 定 量 聚 合 酶 链 反 应 （ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ ｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎ，ｑＰＣＲ）和长片段聚合酶链 反应 （ ｌｏｎｇ ｒａｎｇｅ ＰＣＲ， Ｌ⁃ＰＣＲ） 是 目 前 用 于 检 测 ＢＲＣＡ 基因大片段重排的三个主要技术平台。

近 年 来， 随 着 二 代测 序 （ ｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ＮＧＳ）技术的飞速发展，国内外越来越多 的实验室已将 ＮＧＳ 技术应用于 ＢＲＣＡ 基因变异的临床检测。 除应用于点突变和小片段插入缺失的检 测外，在测序策略和生物信息学工具方面有着特殊 设计的 ＮＧＳ 也可用于大片段重排的检测。

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二、 ＢＲＣＡ基因变异命名规则

推荐使用人类基因组变异协会（Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｖａｒｉａｔｉｏｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ， ＨＧＶＳ）命名法作为基因变异命名 的主要指导原则以规范基因序列变异的命名。同时 参考序列必须包含在内以确保基因变异命名的准确 无误。 ＨＧＶＳ 命名法的首选 ＤＮＡ 编码参考序列是 基因座参考基因组序列（ Ｌｏｃｕｓ ＲｅｆｅｒｅｎｃｅＧｅｎｏｍｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ， ＬＲＧ， ｈｔｔｐ： ／ ／ ｗｗｗ􀆰 ｌｒｇ⁃ｓｅｑｕｅｎｃｅ􀆰 ｏｒｇ ／ ），但ＬＲＧ 尚未被广泛应用在解读的数据库和文献里。 因此根据目前的情况，推荐使用最常用的 ２ 个转录 本序列， 分别为 ＮＭ ＿ ００７２９４􀆰 ３ （ ＢＲＣＡ１） 和 ＮＭ ＿ ００００５９􀆰 ３（ＢＲＣＡ２），相应的蛋白质参考序列为 ＮＰ＿ ００９２２５􀆰 １（ＢＲＣＡ１） 和 ＮＰ ＿００００５０􀆰 ２（ＢＲＣＡ２）。 同 时推荐使用命名工具（ ｈｔｔｐｓ： ／ ／ｍｕｔａｌｙｚｅｒ􀆰 ｎｌ）对基因 变异的 ＨＧＶＳ 命名进行校验。

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三、 ＢＲＣＡ变异分类

根据国际癌症研究机构（ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ａｇｅｎｃｙ ｆｏｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｏｎ Ｃａｎｃｅｒ， ＩＡＲＣ） ［３］ 、美国医学遗传学 与基 因 组 学 学 会 （ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ， ＡＣＭＧ） ［４⁃５］和胚系突变等位基因解读实证联盟（Ｅｖｉｄｅｎｃｅ⁃ｂａｓｅｄ Ｎｅｔｗｏｒｋ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｐｒｅｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｇｅｒｍｌｉｎｅ Ｍｕｔａｎｔ Ａｌｌｅｌｅｓ，ＥＮＩＧＭＡ， ｈｔｔｐｓ： ／ ／ ｅｎｉｇｍａｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ􀆰 ｏｒｇ ／ ） ［６］ 的 分 类 系 统， 将 ＢＲＣＡ 基因变异按照风险程度由高至低分为以下５ 类：

致病性（５ 类，致病可能性＞０􀆰 ９９）、

可能致病性 （４ 类，致病可能性在 ０􀆰 ９５ ～ ０􀆰 ９９ 之间）、

意义未明 （３ 类，致病可能性在 ０􀆰 ０５ ～ ０􀆰 ９４９ 之间）、

可能良性 （２ 类，致病可能性在 ０􀆰 ００１ ～ ０􀆰 ０４９ 之间）

良性 （１ 类，致病可能性＜０􀆰 ００１）。

受试者的总体 ＢＲＣＡ 状况应为其所有 ＢＲＣＡ１ ／ ２ 基因变异中风险程度最 高的类别。

四、 ＢＲＣＡ变异解读

目前，ＢＲＣＡ 变异解读最权威的指南或标准包 括：ＡＣＭＧ 和 美 国 分 子 病 理 学 会 （ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ ＭｏｌｅｃｕｌａｒＰａｔｈｏｌｏｇｙ，ＡＭＰ） 序列变异解读标准和指 南（ ２０１５ 版） ［４］ ， 欧 洲 分 子 基 因 诊 断 质 量 联 盟 （ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ＧｅｎｅｔｉｃｓＱｕａｌｉｔｙ Ｎｅｔｗｏｒｋ， ＥＭＱＮ）遗传性乳腺癌／ 卵巢癌分子遗传分析最佳实 践指南（２００８ 版） ［７］和 ＥＮＩＧＭＡ ＢＲＣＡ１ ／ ２ 基因变异分类标准（１􀆰 １ 版） ［６］ 。

ＡＣＭＧ 于 ２０００ 年发布了第 １ 版变异解读总体 指南，并于 ２００７ 年进行了修订，２０１５ 年 ＡＣＭＧ 和 ＡＭＰ 联合发布了该变异解读指南的最新版本。ＥＭＱＮ 是一家为全球实验室提供室间质量评估 （ｅｘｔｅｒｎａｌ ｑｕａｌｉｔｙ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ） 服务的非营利性机构， 致力于提高临床分子遗传学检测质量。１９９９ 年 ＥＭＱＮ 起草了第 １ 版遗传性乳腺癌／ 卵巢癌分子遗 传分析最佳实践指南，并于 ２００７ 年 ＥＭＱＮ 研讨会 讨论，后在 ２００８ 年更新了该指南。ＥＮＩＧＭＡ 是一个 国际研究者联盟，致力于确定 ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２ 和其 他已知或可疑乳腺癌基因序列变异的临床意义。 基 于已发表的指南（包括 ＡＣＭＧ２００７ 版）和各成员制 定的分类标准，ＥＮＩＧＭＡ 于 ２０１５ 年发布了专门针对 ＢＲＣＡ１ ／ ２ 的变异分类标准。 在其标准里，ＥＮＩＧＭＡ 根据已知的对功能域的认知，总结了ＢＲＣＡ１ ／ ２ 的功 能域以及可能恢复 ＢＲＣＡ１ ／ ２ 基因功能的自然存在 的框 内 ＲＮＡ 异 构 体 （ ｎａｔｕｒａｌｌｙ ｏｃｃｕｒｒｉｎｇ ｉｎ⁃ｆｒａｍｅ ＲＮＡｉｓｏｆｏｒｍｓ；表 １）。

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除此之外，ＥＮＩＧＭＡ还发表了 一些针对临床意义未明变异的研究。 这些都是变异 解读非常有用的资源。 同一变异依据不同的解读指 南或标准所得到的解读结果可能会略有差异，因而 我们建议在变异解读时具体指明所依据的指南或标准名称。

综合以上指南解读规则以及ＢＲＣＡ 基因的特 征，我们总结出以下解读规则：

１．致病性（ ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ）⁃５ 类。 包括以下几种情 况：

（１）编码提前终止密码子的序列变异，即 ＢＲＣＡ１ 第 １ ８５５ 位氨基酸和 ＢＲＣＡ２ 第 ３ ３０９ 位氨基酸前发生的无义突变或移码突变。

（２）发生在剪切位点即 外显子上下游第一或第二个碱基的变异，但是，需除外经预测或已明确的可产生可能恢复 ＢＲＣＡ１ ／ ２基 因功 能 的 自 然 存 在 的 框 内 ＲＮＡ 异 构 体 的 变 异 （表 １）。

（３）拷贝数缺失变异，该变异导致 ＢＲＣＡ１ 第 １ ８５５ 位氨基酸和 ＢＲＣＡ２ 第 ３ ３０９ 位氨基酸前发 生移码突变，或者该变异移除１ 个或多个外显子且 不是经预测或已明确的可产生可能恢复 ＢＲＣＡ１ ／ ２ 基因功能的自发框内 ＲＮＡ 异构体的变异。

（４） 任 意大小的拷贝数重复变异，该变异导致 １ 个或多个 外显子重复并已被证实会导致 ＢＲＣＡ１ 第 １ ８５５ 位氨基酸和 ＢＲＣＡ２ 第 ３ ３０９ 位氨基酸前发生移码突 变。

（５）体外或体内功能研究显示对基因或基因产 物有破坏作用且与肿瘤高危相关的其他类型变异。

２．可能致病性（ ｌｉｋｅｌｙ ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ）⁃４ 类。

包括以下几种情况：

（１）  该变异经 ｍＲＮＡ 水平的实验证实 能够改变剪接，但是不会产生可能恢复基因功能的 自然存在的框内ＲＮＡ 异构体。

（２）  该变异编码的 氨基酸改变与之前定义的 ５ 类致病性错义突变相 同，但发生改变的基础核苷酸不同，而且既往疾病关联并非由剪接事件所致，并且变异未见于作为对照 的外显子组测序项目（Ｅｘｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｐｒｏｊｅｃｔ）、 千人基因组计划（１０００ ＧｅｎｏｍｅｓＰｒｏｊｅｃｔ） 或外显子 组整合数据库（Ｅｘｏｍｅ Ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ），或变 异位于已确认的功能区。

（３）移除密码子的小片段 框内缺失变异，该变异涉及的氨基酸位点已被证实 可发生错义替换 ５ 类变异，且既往疾病关联并非由于剪接事件所致，并且变异未见于作为对照的外显 子组测序项目、千人基因组计划或外显子组整合数 据库，或变异位于已确认的功能区。

（４）体外或体 内功能性研究显示对基因或基因产物有破坏作用的 其他类型变异，并且变异未见于作为对照的外显子 组测序项目、千人基因组计划或外显子组整合数据 库，或者变异位于已确认的功能区。

３．意义未明（ｕｎｃｅｒｔａｉｎ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ）⁃３ 类：证据 不足以将其归类为 １、２、４ 或 ５ 类的变异，或证据与 良性和致病性分类相矛盾的变异。

４．可能良性（ ｌｉｋｅｌｙ ｂｅｎｉｇｎ）⁃２ 类。 包括以下几 种情况：

（１）该变异编码的氨基酸改变与已确认的 １ 类良性变异相同，但发生改变的基础核苷酸不同，且 无证据表明该变异会导致剪接事件。

（２）个体发生 的胚系变异与已知致病变异在同一基因上呈反式 （ｉｎ ｔｒａｎｓ）排列，且该个体除了 ＢＲＣＡ 相关肿瘤外无明显其他临床表征。

５． 良性（ｂｅｎｉｇｎ）⁃１ 类：

（１）外显子组测序项目、 千人基因组计划或外显子组整合数据库中等位基因 频率＞５％ 的变异。

（２）体外或体内功能研究显示对 蛋白质功能或剪接无破坏作用的变异。

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五、 ＢＲＣＡ变异解读数据库

变异解读的关键步骤之一是收集证据，并基于 这些证据对变异进行分类。 数据库是挖掘这些证据 的重要资源。 表 ２ 列出了一些常用的数据库，依使 用情况分为２ 类：群体数据库和 ＢＲＣＡ 相关数据库。 群体数据库记录的是以种群为基础的研究中发现的 变异。 大群体中的变异频率可从此类数据库中获 取。 ＢＲＣＡ１ ／２ 变异相关研究已开展多年，有一些专 门收集 ＢＲＣＡ 变异的数据库和积累大量 ＢＲＣＡ 变异 的疾病数据库，可从中找到变异解读和相应的支持 证据。

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六、 ＢＲＣＡ检测报告

一份完整的 ＢＲＣＡ 检测报告要能够被肿瘤科医 师或其他非分子病理学专业的医师理解，报告内容应至少包括以下部分：样本信息、检测结果、基因变 异分类的详细解释、检测方法和覆盖区域、签名和联系信息。 样本信息部分应包括患者基本信息、样本 类型、临床诊断、家族史。 若送检的是肿瘤组织，样 本信息部分还应该包括病理诊断、肿瘤细胞含量、取 材时间、样本处理方式等信息［１０］。 检测结果部分应 列出在该被检测者中发现的所有 ２ ～ ５ 类基因变异 和总体 ＢＲＣＡ 状态。 基因变异分类的详细解释部分 应提供基因变异分类证据的简要说明。检测方法和 覆盖区域部分应明确描述使用的是何种 ＢＲＣＡ 检测 方法以及该方法覆盖的指定序列区域。 签名和联系 信息部分应列出实验操作、数据分析与报告撰写、报告复核的人员姓名及便于进一步问询的联系信息。 数据分析人员应具有临床医学、分子生物学或遗传 学知识背景并经生物信息学培训。 最终报告应由中 级或硕士以上具有相关背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人（高级职称或医学博士学 位） 审核。 检测报告模板如表 ３。

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