ctDNA该怎么玩？ 血浆ctDNA多平台EGFR突变检测对比

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阿斯利康公司研究团队利用AURA临床试验对患者血浆ctDNA的EGFR突变检测进行数字PCR与传统PCR检测的多平台比较，证明了包括cobas EGFR突变检测、ARMS法、ddPCR、BEAMing dPCR技术在内的多平台是常见EGFR敏感性突变的有力检测手段；cobas法和BEAMing法在血浆T790M的检测上显示出高敏感性（> 70%）；T790M异质性可能解释大多数血浆-组织的不一致。该研究结果2015年12月发表在《肺癌》（Lung Cancer）杂志上。
近年研究证明，ctDNA在EGFR突变检测上具有特异性、敏感性、与组织结果一致性，可替代肿瘤组织作为一种可行的、微创的液体活检方法。然而对于ctDNA，虽然有几种方法可用于突变分析，包括数字PCR（dPCR）、突变体富集PCR及肽核酸锁核酸PCR，但缺乏广泛认可的分析方法。一项开放性、多中心，针对EGFR-TKI耐药的晚期非小细胞肺癌患者正在进行的旨在评价AZD9291安全性、耐受性、有效性的I期AURA试验显示出AZD9291的可喜临床疗效（临床试验标识符：NCT01802632），同时该试验比较了多种平台用ctDNA检测EGFR突变（包括T790M耐药突变）的情况，以明确在AZD9291临床应用中使用最合适的检测技术。
% z  u' w' {8 D0 Z研究者们使用多个平台对ctDNA检测了三种常见的EGFR突变（19外显子缺失、L858R和T790M），包括非数字检测系统—COBAS EGFR突变检测（Roche Molecular Systems）、therascreen EGFR扩增阻滞突变系统（ARMS）法(QIAGEN)和数字检测系统—液滴数字PCR (ddPCR）（Bio-Rad/MolecularMD)、BEAMing dPCR技术(Sysmex Inostics)。
用以上平台先对38例样本进行初步评估。与组织检测结果相比，对于EGFR-TKI敏感性突变，cobas 法、 ARMS法、BEAMing法、ddPCR法（只针对L858R突变）表现出高敏感度（78%-100%）和高特异性（93%-100%）；对于T790M突变，数字平台优于非数字平台（表1）。而且，比起局限于胸内的患者（M1A / M0），T790M突变更容易在胸外转移患者（M1）中检测到（P＜  0.01）。
  i% ~6 Z6 T" N! Q9 G表1
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随后用数字检测的BEAMing法、非数字检测的cobas法追加评估了72例基线血浆样品。对于EGFR-TKI敏感性突变，两个平台均表现出高敏感性（82–87%）和高特异性（97%）；对于T790M突变，二者均表现出高敏感性（表2）。BEAMing法的敏感性高（81%）但特异性低（58%）（表2)。两平台之间的一致性大于90%，表明多个平台能够敏感而特异地检测EGFR 敏感性突变。
, M) y) G: P; Y' T9 q8 N" n2 _表2
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7 G6 }8 d- f! A/ L. ~  y7 E' W
" _! b3 c' A2 {5 i% q3 _基于T790M耐药突变基线水平（即一线TKI耐药后，服用AZD9291之前）的AZD9291临床反应在血浆和组织中的结果如图1所示。T790M突变阳性患者的临床反应率在血浆和组织中几乎是相同的（59% vs. 61%）。
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whh676 发表于 2016-1-10 19:47
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草船借箭 发表于 2016-1-10 19:50
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