ＢＲＣＡ 数据解读中国专家共识
本帖最后由 虎光着 于 2018-8-3 16:20 编辑乳腺癌易感基因 （ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ ｇｅｎｅ， ＢＲＣＡ）是重要的抑癌基因与肿瘤易感基因，包括 ＢＲＣＡ１ 及 ＢＲＣＡ２。 ＢＲＣＡ 在 ＤＮＡ 修复的同 源性重组（ ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）机制中扮演重 要角色，ＢＲＣＡ基因突变会导致基因组不稳定性显 著增加。 胚系 ＢＲＣＡ１ ／ ２ 突变（ ｇＢＲＣＡｍ） 将显著提 高女性乳腺癌、卵巢癌以及其他癌症的发病风险。 近年来的研究发现，在一小部分无胚系ＢＲＣＡ 基因 突变患者的乳腺癌或卵巢癌肿瘤组织中也可以检测 到 ＢＲＣＡ 基因体细胞突变 （ｓＢＲＣＡｍ）。 ＢＲＣＡ 基因 也是与精准治疗密切相关的生物标志物，具有 ＢＲＣＡ１ ／ ２ 突变的卵巢癌患者对铂类化疗非常敏感， 预后良好，并可获益于聚二磷酸腺苷核糖聚合酶 （ｐｏｌｙ ＡＤＰ⁃ｒｉｂｏｓｅｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ， ＰＡＲＰ ） 抑 制 剂 的 治 疗［１］ 。 随着精准医学和靶向治疗的进展，对相关肿 瘤患者血液和／ 或肿瘤组织进行 ＢＲＣＡ 突变检测将有助于更好地判断预后、选择靶向药物、选择化疗方 案、在适当的条件下对家族遗传史患者亲属的患病 风险进行评估，帮助医师根据患者的基因状态来选 取更精准的治疗方案。 ＢＲＣＡ１ ／ ２ 基因序列较长，变异形式多样，变异 位点分散遍布于 ２ 个基因的全长［２］ ，并且不是所有 的 ＢＲＣＡ变异都会损伤蛋白质功能，因而，变异的解 读是 ＢＲＣＡ 检测中一个关键的环节。 ＢＲＣＡ 基因变 异解读需要依据各类信息（包括来自群体数据库、 疾病数据库、文献和患者病史的信息）进行综合评 判。 近年来国外多个权威机构先后发布了 ＢＲＣＡ 基 因变 异 数 据 解 读 的 标 准 或 指 南。 目 前， 我 国 在 ＢＲＣＡ 基因变异数据解读领域尚缺乏规范性指导。因此，中华医学会病理学分会特组织分子病理学领 域的相关专家进行了充分讨论，并形成共识发布，以 指导与规范我国 ＢＲＣＡ 基因检测数据的解读，推动 ＢＲＣＡ 检测在我国的临床应用。
一、 ＢＲＣＡ变异类型、检测区域及检测方法 ＢＲＣＡ 变异类型主要包括点突变、小片段插入／ 缺失 和 大 片 段 重 排 （ ｌａｒｇｅ ｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔ ） 等。 除 ＢＲＣＡ 基因编码区的变异外，内含子发生的一些变异亦可能会通过干扰 ＲＮＡ 剪切等方式影响蛋白质 功能，因此 ＢＲＣＡ 检测必须同时覆盖编码区和相邻 边界区（以±２０ｂｐ 为佳）。 Ｓａｎｇｅｒ 测序是检测 ＢＲＣＡ基因点突变和小片段 插入缺失的传统技术，也可以作为其他检测方法的 补充或结果验证手段。 多重连接依赖性探针扩增 （ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ ｌｉｇａｔｉｏｎ⁃ｄｅｐｅｎｄｅｎｔｐｒｏｂｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｓｓａｙ， ＭＬＰＡ）、 定 量 聚 合 酶 链 反 应 （ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ ｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎ，ｑＰＣＲ）和长片段聚合酶链 反应 （ ｌｏｎｇ ｒａｎｇｅ ＰＣＲ， Ｌ⁃ＰＣＲ） 是 目 前 用 于 检 测 ＢＲＣＡ 基因大片段重排的三个主要技术平台。 近 年 来， 随 着 二 代测 序 （ ｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ＮＧＳ）技术的飞速发展，国内外越来越多 的实验室已将 ＮＧＳ 技术应用于 ＢＲＣＡ 基因变异的临床检测。 除应用于点突变和小片段插入缺失的检 测外，在测序策略和生物信息学工具方面有着特殊 设计的 ＮＧＳ 也可用于大片段重排的检测。
二、 ＢＲＣＡ基因变异命名规则 推荐使用人类基因组变异协会（Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｖａｒｉａｔｉｏｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ， ＨＧＶＳ）命名法作为基因变异命名 的主要指导原则以规范基因序列变异的命名。同时 参考序列必须包含在内以确保基因变异命名的准确 无误。 ＨＧＶＳ 命名法的首选 ＤＮＡ 编码参考序列是 基因座参考基因组序列（ Ｌｏｃｕｓ ＲｅｆｅｒｅｎｃｅＧｅｎｏｍｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ， ＬＲＧ， ｈｔｔｐ： ／ ／ ｗｗｗ􀆰 ｌｒｇ⁃ｓｅｑｕｅｎｃｅ􀆰 ｏｒｇ ／ ），但ＬＲＧ 尚未被广泛应用在解读的数据库和文献里。 因此根据目前的情况，推荐使用最常用的 ２ 个转录 本序列， 分别为 ＮＭ ＿ ００７２９４􀆰 ３ （ ＢＲＣＡ１） 和 ＮＭ ＿ ００００５９􀆰 ３（ＢＲＣＡ２），相应的蛋白质参考序列为 ＮＰ＿ ００９２２５􀆰 １（ＢＲＣＡ１） 和 ＮＰ ＿００００５０􀆰 ２（ＢＲＣＡ２）。 同 时推荐使用命名工具（ ｈｔｔｐｓ： ／ ／ｍｕｔａｌｙｚｅｒ􀆰 ｎｌ）对基因 变异的 ＨＧＶＳ 命名进行校验。
三、 ＢＲＣＡ变异分类 根据国际癌症研究机构（ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ａｇｅｎｃｙ ｆｏｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｏｎ Ｃａｎｃｅｒ， ＩＡＲＣ） ［３］ 、美国医学遗传学 与基 因 组 学 学 会 （ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ， ＡＣＭＧ） ［４⁃５］和胚系突变等位基因解读实证联盟（Ｅｖｉｄｅｎｃｅ⁃ｂａｓｅｄ Ｎｅｔｗｏｒｋ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｐｒｅｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｇｅｒｍｌｉｎｅ Ｍｕｔａｎｔ Ａｌｌｅｌｅｓ，ＥＮＩＧＭＡ， ｈｔｔｐｓ： ／ ／ ｅｎｉｇｍａｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ􀆰 ｏｒｇ ／ ） ［６］ 的 分 类 系 统， 将 ＢＲＣＡ 基因变异按照风险程度由高至低分为以下５ 类：致病性（５ 类，致病可能性＞０􀆰 ９９）、可能致病性 （４ 类，致病可能性在 ０􀆰 ９５ ～ ０􀆰 ９９ 之间）、意义未明 （３ 类，致病可能性在 ０􀆰 ０５ ～ ０􀆰 ９４９ 之间）、可能良性 （２ 类，致病可能性在 ０􀆰 ００１ ～ ０􀆰 ０４９ 之间） 良性 （１ 类，致病可能性＜０􀆰 ００１）。 受试者的总体 ＢＲＣＡ 状况应为其所有 ＢＲＣＡ１ ／ ２ 基因变异中风险程度最 高的类别。
四、 ＢＲＣＡ变异解读 目前，ＢＲＣＡ 变异解读最权威的指南或标准包 括：ＡＣＭＧ 和 美 国 分 子 病 理 学 会 （ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ ＭｏｌｅｃｕｌａｒＰａｔｈｏｌｏｇｙ，ＡＭＰ） 序列变异解读标准和指 南（ ２０１５ 版） ［４］ ， 欧 洲 分 子 基 因 诊 断 质 量 联 盟 （ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ＧｅｎｅｔｉｃｓＱｕａｌｉｔｙ Ｎｅｔｗｏｒｋ， ＥＭＱＮ）遗传性乳腺癌／ 卵巢癌分子遗传分析最佳实 践指南（２００８ 版） ［７］和 ＥＮＩＧＭＡ ＢＲＣＡ１ ／ ２ 基因变异分类标准（１􀆰 １ 版） ［６］ 。 ＡＣＭＧ 于 ２０００ 年发布了第 １ 版变异解读总体 指南，并于 ２００７ 年进行了修订，２０１５ 年 ＡＣＭＧ 和 ＡＭＰ 联合发布了该变异解读指南的最新版本。ＥＭＱＮ 是一家为全球实验室提供室间质量评估 （ｅｘｔｅｒｎａｌ ｑｕａｌｉｔｙ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ） 服务的非营利性机构， 致力于提高临床分子遗传学检测质量。１９９９ 年 ＥＭＱＮ 起草了第 １ 版遗传性乳腺癌／ 卵巢癌分子遗 传分析最佳实践指南，并于 ２００７ 年 ＥＭＱＮ 研讨会 讨论，后在 ２００８ 年更新了该指南。ＥＮＩＧＭＡ 是一个 国际研究者联盟，致力于确定 ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２ 和其 他已知或可疑乳腺癌基因序列变异的临床意义。 基 于已发表的指南（包括 ＡＣＭＧ２００７ 版）和各成员制 定的分类标准，ＥＮＩＧＭＡ 于 ２０１５ 年发布了专门针对 ＢＲＣＡ１ ／ ２ 的变异分类标准。 在其标准里，ＥＮＩＧＭＡ 根据已知的对功能域的认知，总结了ＢＲＣＡ１ ／ ２ 的功 能域以及可能恢复 ＢＲＣＡ１ ／ ２ 基因功能的自然存在 的框 内 ＲＮＡ 异 构 体 （ ｎａｔｕｒａｌｌｙ ｏｃｃｕｒｒｉｎｇ ｉｎ⁃ｆｒａｍｅ ＲＮＡｉｓｏｆｏｒｍｓ；表 １）。
除此之外，ＥＮＩＧＭＡ还发表了 一些针对临床意义未明变异的研究。 这些都是变异 解读非常有用的资源。 同一变异依据不同的解读指 南或标准所得到的解读结果可能会略有差异，因而 我们建议在变异解读时具体指明所依据的指南或标准名称。 综合以上指南解读规则以及ＢＲＣＡ 基因的特 征，我们总结出以下解读规则：
１．致病性（ ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ）⁃５ 类。 包括以下几种情 况：（１）编码提前终止密码子的序列变异，即 ＢＲＣＡ１ 第 １ ８５５ 位氨基酸和 ＢＲＣＡ２ 第 ３ ３０９ 位氨基酸前发生的无义突变或移码突变。 （２）发生在剪切位点即 外显子上下游第一或第二个碱基的变异，但是，需除外经预测或已明确的可产生可能恢复 ＢＲＣＡ１ ／ ２基 因功 能 的 自 然 存 在 的 框 内 ＲＮＡ 异 构 体 的 变 异 （表 １）。 （３）拷贝数缺失变异，该变异导致 ＢＲＣＡ１ 第 １ ８５５ 位氨基酸和 ＢＲＣＡ２ 第 ３ ３０９ 位氨基酸前发 生移码突变，或者该变异移除１ 个或多个外显子且 不是经预测或已明确的可产生可能恢复 ＢＲＣＡ１ ／ ２ 基因功能的自发框内 ＲＮＡ 异构体的变异。 （４） 任 意大小的拷贝数重复变异，该变异导致 １ 个或多个 外显子重复并已被证实会导致 ＢＲＣＡ１ 第 １ ８５５ 位氨基酸和 ＢＲＣＡ２ 第 ３ ３０９ 位氨基酸前发生移码突 变。 （５）体外或体内功能研究显示对基因或基因产 物有破坏作用且与肿瘤高危相关的其他类型变异。
２．可能致病性（ ｌｉｋｅｌｙ ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ）⁃４ 类。 包括以下几种情况： （１）该变异经 ｍＲＮＡ 水平的实验证实 能够改变剪接，但是不会产生可能恢复基因功能的 自然存在的框内ＲＮＡ 异构体。 （２）该变异编码的 氨基酸改变与之前定义的 ５ 类致病性错义突变相 同，但发生改变的基础核苷酸不同，而且既往疾病关联并非由剪接事件所致，并且变异未见于作为对照 的外显子组测序项目（Ｅｘｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｐｒｏｊｅｃｔ）、 千人基因组计划（１０００ ＧｅｎｏｍｅｓＰｒｏｊｅｃｔ） 或外显子 组整合数据库（Ｅｘｏｍｅ Ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ），或变 异位于已确认的功能区。
（３）移除密码子的小片段 框内缺失变异，该变异涉及的氨基酸位点已被证实 可发生错义替换 ５ 类变异，且既往疾病关联并非由于剪接事件所致，并且变异未见于作为对照的外显 子组测序项目、千人基因组计划或外显子组整合数 据库，或变异位于已确认的功能区。 （４）体外或体 内功能性研究显示对基因或基因产物有破坏作用的 其他类型变异，并且变异未见于作为对照的外显子 组测序项目、千人基因组计划或外显子组整合数据 库，或者变异位于已确认的功能区。 ３．意义未明（ｕｎｃｅｒｔａｉｎ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ）⁃３ 类：证据 不足以将其归类为 １、２、４ 或 ５ 类的变异，或证据与 良性和致病性分类相矛盾的变异。
４．可能良性（ ｌｉｋｅｌｙ ｂｅｎｉｇｎ）⁃２ 类。 包括以下几 种情况：
（１）该变异编码的氨基酸改变与已确认的 １ 类良性变异相同，但发生改变的基础核苷酸不同，且 无证据表明该变异会导致剪接事件。 （２）个体发生 的胚系变异与已知致病变异在同一基因上呈反式 （ｉｎ ｔｒａｎｓ）排列，且该个体除了 ＢＲＣＡ 相关肿瘤外无明显其他临床表征。
５． 良性（ｂｅｎｉｇｎ）⁃１ 类：（１）外显子组测序项目、 千人基因组计划或外显子组整合数据库中等位基因 频率＞５％ 的变异。 （２）体外或体内功能研究显示对 蛋白质功能或剪接无破坏作用的变异。
五、 ＢＲＣＡ变异解读数据库 变异解读的关键步骤之一是收集证据，并基于 这些证据对变异进行分类。 数据库是挖掘这些证据 的重要资源。 表 ２ 列出了一些常用的数据库，依使 用情况分为２ 类：群体数据库和 ＢＲＣＡ 相关数据库。 群体数据库记录的是以种群为基础的研究中发现的 变异。 大群体中的变异频率可从此类数据库中获 取。 ＢＲＣＡ１ ／２ 变异相关研究已开展多年，有一些专 门收集 ＢＲＣＡ 变异的数据库和积累大量 ＢＲＣＡ 变异 的疾病数据库，可从中找到变异解读和相应的支持 证据。
六、 ＢＲＣＡ检测报告 一份完整的 ＢＲＣＡ 检测报告要能够被肿瘤科医 师或其他非分子病理学专业的医师理解，报告内容应至少包括以下部分：样本信息、检测结果、基因变 异分类的详细解释、检测方法和覆盖区域、签名和联系信息。 样本信息部分应包括患者基本信息、样本 类型、临床诊断、家族史。 若送检的是肿瘤组织，样 本信息部分还应该包括病理诊断、肿瘤细胞含量、取 材时间、样本处理方式等信息［１０］。 检测结果部分应 列出在该被检测者中发现的所有 ２ ～ ５ 类基因变异 和总体 ＢＲＣＡ 状态。 基因变异分类的详细解释部分 应提供基因变异分类证据的简要说明。检测方法和 覆盖区域部分应明确描述使用的是何种 ＢＲＣＡ 检测 方法以及该方法覆盖的指定序列区域。 签名和联系 信息部分应列出实验操作、数据分析与报告撰写、报告复核的人员姓名及便于进一步问询的联系信息。 数据分析人员应具有临床医学、分子生物学或遗传 学知识背景并经生物信息学培训。 最终报告应由中 级或硕士以上具有相关背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人（高级职称或医学博士学 位） 审核。 检测报告模板如表 ３。
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