小曲 发表于 2022-5-5 17:54:34

从零开始认识c-MET(上)——基础篇

作者:小山丘的旅行
对非小细胞肺癌患者来说,MET扩增或突变,是我们绕不开的靶点。确诊时发现,或者靶向耐药后出现,都会影响我们接下来的治疗跟选择。


一、主要关注类型



c-MET通路的异常激活: 过表达,基因变异(扩增,突变,融合和反式激活等)。(MET异常激活-文献16)
我们重点关注:MET-14跳跃突变、MET扩增、MET蛋白过表达。
我们不太认为MET过表达是肿瘤的驱动因素,倾向认为它是基因异常激活发生的二次事件。考虑到它的预后相关,以及各癌种不低的发生率(比如乳腺癌35-65%,胃癌30-70%,肝癌25-60%,肾细胞癌15-80%等),我们通常也将它列为了解的重点。


二、检测方法



NCCN指南建议,对于EGFR-TKI耐药患者,如果没有检测到T790M,应考虑进行MET扩增复测。提示了MET检测的必要和重要性。
MET过表达
免疫组化IHC检测,便宜、快速,很多医院将它作为病理操作的常规项。
MET高表达+++相对有价值一些。虽然不太能直接指导治疗,但如果靶向耐药后检测不到明确的耐药因素 或者基因检测到EGFR/ALK突变但用药仍在进展的,高表达或许能提示我们往MET方向考虑,甚至盲联。
MET-14跳跃
RT-PCR跟二代NGS测序是主要方法,推荐二代测序NGS。
理由:①RT-PCR快速便宜,但缺乏质控标准,假阴性也多;②NGS技术的位点/类型覆盖较全,更能匹配MET-14跳跃的多样及共突变情况 (可能检出的MET-14exon点突变,虽然发生频率不高,但可能产生和MET-14skipping类似的生物学结果,影响MET通路。例如某肺腺癌病友,液体NGS检出MET Y1003s突变,克唑替尼用药效果良好,持续缓解近1年。)
液体NGS检测存在漏检,漏检率可能达36%,也就是常说的“检出率问题”。
为了提高检出,NCCN指南推荐在DNA-NGS测序后,可以增加RNA-NGS检测补充。(根据哥伦比亚大学医学中心的回顾分析,液体ctDNA panel检测到2.5%,但后续通过RNA验证检测时增加到3.9%。)
MET扩增
临床常用的检测技术:FISH法(医院/不贵)和NGS测序(院外/基因检测)。
条件理想的话,FISH和NGS都进行检测。
理由:FISH检测可以较好地筛选出MET靶向获益患者,而NGS可以更全面的了解MET和非MET的基因异常情况。
①MET扩增形式=定点扩增+多倍体FISH或NGS检测值,并不意味着都是有治疗意义的MET扩增及用药有效。
因为较低水平的检测值,很可能不是因为MET定点扩增,而只是肿瘤细胞的7号染色体重复引起的拷贝数增加而已,即我们讲的MET多体或多倍体。(来源:91360智慧病理网:MET突变/扩增/14外显子跳跃突变检测方法的系统总结及注意事项)
②组织FISH的Cut-off值组织FISH是临床研究常用的检测法,多倍体和定点扩增均能检出,被认为是MET扩增检测的金标准。
从表格里的3个经典临床看,MET扩增程度和不同药物的响应率有关。不同MET扩增水平,疗效数据明显不一样。(MET基因扩增与病人响应率关系-文献11)
为更好的预测、筛选区分MET用药的获益人群,我们有必要对检测值进行划分。
按Cappuzzo和UCCC标准,我们把FISH拷贝数GCN≥5或MET/CEP7比值≥2.0的定义为MET扩增(定点扩增),而如果是GCN<5或MET/CEP7比值<2,则定义为MET多倍体。
实际上,以上的划分标准也没有成为共识,临床患者的筛选经常不同。好在偏差也不会很大。综合PROFILE 1001研究和上面的标准,一般划分为:
③NGS检测的Cut-off值

[*]液体NGS
液体NGS检测,是可行的选择。毕竟,每次都进行组织活检不太现实。缺点在于检出率问题。而且液体NGS对检测技术要求较高。这方面的检测,推荐找大公司进行检测,虽然价格高一些。
Le X,ASCO2021:基于Guardant 360试剂盒进行NGS液体检测,GCN≥2.5为MET扩增阳性。特泊替尼的VISION试验也是以此为参考进行入组筛选。

[*]组织NGS
Camidge R,JTO 2020 及Wolf J,NEJM 2020:基于FoudationONE CDX检测GCN≥6为MET扩增阳性的Cut-off值。(来源:2021ASCO Annual Meeting)
NGS检测出的拷贝数GCN<6就意味着不是定点扩增,用药无效么?也不见得。只能说GCN≥6的疗效相对更好。
同时应该了解的是,组织NGS同样存在检出率的问题。可能是NGS对多倍体/真性扩增的生信解读存在过滤问题,也可能是样本质控等问题。
参考TATTON 1b 期的研究,质控标本的肿瘤细胞≥20%,可能更有利于准确检测。
MET融合
NGS二代测序应该更有优势。


三.发生情况



按已有的临床询证,重点关注的是MET-14跳跃和MET扩增。典型的,像上图中的肺肉瘤样癌PSC,MET-14跳跃突变发生率达到了20-31.8%,比例很高。
MET扩增:原发+继发
虽然MET扩增的患者可能有50%以上有吸烟史,但MET扩增水平跟性别、吸烟不见得有关系。
(1)原发MET扩增,也就是MET异常引起,而不是因靶向或治疗耐药后得到。肺腺癌患者里,它的发生率大概2-4%。
其中,低水平的原发MET扩增,可能有50%携带其他驱动基因异常。而高水平的扩增,较少出现驱动基因共存的情况(如罕见的原发MET扩增+EGFR突变)。
(2)继发MET扩增,也叫获得性MET扩增,是很常见的肿瘤耐药机制之一。比如EGFR突变的患者,在使用一段时间EGFR靶向药后,出现了MET基因异常导致EGFR-TKI耐药和进展。
①EGFR突变患者的获得性耐药上海胸科医院回顾性研究,NGS检测:原发MET扩增3.27%(82/2507),EGFR靶向药耐药后获得的MET扩增16.04%。
其中,EGFR 1/2代靶向耐药后约占5~10%左右。一线奥希替尼耐药后大概是10-15%(III 期 FLAURA 试验15%)。二线奥希替尼耐药后的MET耐药约15-25%(III 期 AURA3 试验的血液样本测序有19%)。
基于获得性MET突变的发生率不低,NCCN和CSCO指南均提到,EGFR靶向耐药后,除了T790M检测外,可以考虑做个MET扩增检测。
②ALK突变患者的获得性耐药分析136例ALK患者,靶向耐药后的组织/血液标本,约15%存在MET扩增。其中二代阿来替尼/塞瑞替尼耐药后12%,三代劳拉替尼耐药后22%。
整体来说,一线克唑替尼后再用二代药出现的MET扩增大概9%,而一线阿来替尼/塞瑞替尼再用劳拉替尼出现MET扩增的概率大约在33%。
MET-14跳跃
非小肺癌中,MET-14跳跃在确诊时的发生率大概3-4%,在已知的NSCLC驱动基因中排第四。男性>70岁的晚期患者群体比较多见。常见于肉瘤样癌4.9-31.8%,腺鳞癌4-8%,鳞癌1-2%。(MET外显子14跳跃突变的发生率-文献17)
ASCO2020报道,1387例NSCLC患者组织基因NGS检测,总计发现2.3%存在MET-14跳跃突变。而在这些患者里,跟EGFR突变同时发生的情况非常罕见(仅0.65%),但同时存在MET扩增的可能有15-20%。
一些研究显示,MET-14跳跃突变患者,如同时伴随MET扩增或MET高表达,则MET抑制剂疗效可能更好。
MET融合
MET融合基因类型有:SLC1A2-MET,PTPRZ1-MET,KIF5B-MET,HLA-DRB1-MET等。
尽管发生率非常低,但现有的报道表明MET融合基因在肺癌中具有致癌活性。其中,肺腺癌的MET融合发生率据报道为0.5%。
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